1050, le commerce en méditerranée est essentiellement aux mains des marins italiens des ports de Naples, Venise et Amalfi.
Les marins amalfitains ont été parmi les tout premiers à adopter la boussole, ce qui leur a permis d’oser les traversées directes d’Italie en Egypte, sans être obligés de naviguer de port en port, de proche en proche comme leurs concurrents. Ils acquièrent donc un statut privilégié auprès des autorités egyptiennes qui, à l’époque, règnent aussi sur la Palestine.
Un certain Gérard de Martigue obtient du califat d’Egypte l’autorisation de fonder un établissement à Jérusalem. Sous sa conduite vont se créer un hôpital, un monastère d’hommes et un monastère de femmes. Leur activité sera exclusivement hospitalière pendant plus de 50 ans.
Pratiquant une médecine héritée des traditions grecques et arabes, non bridée par les dogmes religieux comme la médecine occidentale, leur réputation de soignants est grande et sans doute méritée. Ils soignent aussi bien les pèlerins que les populations locales. A l’arrivée des croisés en 1099, ils se rangent à leurs côtés. A partir de 1137 les Etats latins d’Orient leur demandent en outre de prendre en charge la défense de plusieurs places fortes.
A l’image des Templiers, ils deviennent donc à leur tour un ordre religieux militaire sans pour autant abandonner leur vocation hospitalière. Tout au long des 200 ans d’occupation franque au Moyen Orient, on retrouvera les Hospitaliers et les Templiers, tantôt alliés, tantôt adversaires dans les multiples conflits que connaîtront ces territoires.
A la chute de St Jean d’Acre en 1291, les hospitaliers survivants se réfugient à Chypre, dernière possession franque au Moyen Orient. Là, contrairement aux Templiers, ils décident de poursuivre l’esprit de croisade : la guerre contre les musulmans. De la lutte sur terre, ils se reconvertissent à la lutte sur les mers. En rivalité avec le roi de Chypre, l’ordre décide de chercher une terre qu’il pourra administrer de manière souveraine. Le choix se porte sur l’île de Rhodes qu’il va conquérir entre 1307 et 1310.
Là les hospitaliers vont continuer leur double activité : Ils soignent les malades, et constituent un service de santé militaire Reconvertis dans la guerre maritime, ils vont, pendant deux siècles, développer une puissante flotte de galères et traquer l’ennemi sur mer.
Très redoutées, les « galères de la religion » vont écumer sans relâche la Méditerranée, en véritables « gendarmes ». Mais elles s’adonnent aussi volontiers à la guerre de course, attaquant les bateaux de commerce (parfois chrétiens) dont elles s’approprient les marchandises et capturent les équipages pour les enrôler sur leurs galères ou les vendre comme esclaves.