Des évènements locaux vont cependant les contraindre à apporter des modifications : surélever les murs, les fortifier. En effet, en 1383, le Vivarais du sud est ravagé par la révolte des Tuchins contre les impôts. Ils s’attaquent aux châteaux, s’en emparent, et mettent à sac les paroisses environnantes. Les habitants de Berrias, effrayés, vont jusqu’à aider à ces transformations de la Commanderie. Jalès, tant bien que mal, va être érigé en maison forte.
En 1428, le Vivarais est la proie de brigands, les routiers de Jean Rollet, qui ravagent les plaines. La Commanderie pour se protéger va renforcer ses défenses, les ailes seront soudées, les murs surélevés et le portail déjà fermé par une herse surmonté d’une tour. A partir du XVe siècle les Hospitaliers, qui deviennent en 1530 les Chevaliers de Malte, ne résident plus à Jalès. Ils afferment terres et droits seigneuriaux à de riches fermiers laïcs, à des gens de robe ou à de riches paysans.
La Commanderie entre alors dans une longue période de déclin. Quelques aménagements défensifs sont apportés car la région connaît des troubles religieux. En effet, la Réforme prêchée dès 1528 s’est rapidement répandue en Vivarais.
De 1528 à 1598 Catholiques et Protestants s’affrontent pour le contrôle de la religion et même du pouvoir royal. Les communautés protestantes se développent. Les réformés deviennent un parti politique. Catherine de Médicis après avoir tenté d’apaiser les tensions religieuses en promulguant l’Edit de tolérance en 1562, ne peut empêcher le retour des hostilités et le massacre des protestants à la Saint Barthélémy les 23 et 24 août 1572.
Par l’Edit de Nantes en 1598 Henri IV accorde des lieux de culte aux protestants et quelques places fortes dont Privas, Aubenas, Vallon.
A la mort d’Henri IV, Louis XIII lui succède et réduit le pouvoir des protestants ce qui entraînera 3 nouvelles guerres religieuses. Le Duc de Rohan, protestant comme de nombreux autres aristocrates, va affronter les troupes royales. Dans le Vivarais, catholiques et protestants vont de nouveau être en guerre. C’est dans ce contexte que se situe l’épisode de l’arrestation du Sieur de Mazade en 1627.
Jalès bien situé dans la plaine de Berrias, très catholique, est considéré par les protestants comme un endroit stratégique qu’il serait bon d’occuper. Le sieur de Mazade en l’absence du commandeur est chargé de veiller sur cet endroit. Malheureusement il est trahi par l’un de ses hommes de garde qui s’est arrangé avec deux complices calvinistes de Saint-Ambroix pour les laisser pénétrer en pleine nuit, avec 9 hommes en armes alors qu’il est de garde dans la Commanderie. Le sieur de Mazade qui se trouve dans son lit est fait prisonnier avec tous les siens. La paix d’Alès le 28 juin 1629 enlève tout pouvoir politique et militaire aux protestants.
Dès 1664, Louis XIV prépare la révocation de l’édit de Nantes par l’édit de Fontainebleau(1685)… L’histoire est un éternel recommencement !